.副業で会社を設立したとしてもすぐには分かりませんが、役員報酬が発生する場合には申告の際に副業をしていることは、兼業先に分かってしまいます。

やはり兼業先が副業を禁止していて、まだ独立開業したくないというのであれば役員になることはやめておいた方がよいかもしれません。

思い切った意思表示もできませんし、時間的制約もされます。

それによって顧客に迷惑がかかるのであれば、やはりどちらかにしておくべきでしょう。